Prawidłowy cykl jajnikowy składa się z 2 zasadniczych faz: folikularnej (w której pod wpływem hormonu FSH wydzielanego przez przysadkę następuje wzrost pęcherzyka owulacyjnego (łac. folliculus)) oraz lutealnej (w której następuje produkcja progesteronu przez ciałko żółte (łac. corpus luteum)). Faza folikularna kończy się owulacją (jajeczkowaniem), czyli pęknięciem dojrzałego pęcherzyka owulacyjnego i uwolnieniem komórki jajowej. Owulacja dokonuje się pod wpływem gwałtownego wyrzutu hormonu LH przez przysadkę. W przypadku zapłodnienia zarodek zagnieżdża się w przygotowanej pod wpływem progesteronu błonie śluzowej macicy.
Większość hormonalnych zaburzeń miesiączkowania spowodowana jest zaburzeniem precyzyjnego mechanizmu wydzielania hormonów FSH i LH przez przysadkę np. przez nadmiar androgenów (w zespole policystycznych jajników), nieprawidłowe oddziaływanie hormonu podwzgórzowego GnRH (w anoreksji lub depresji), nadmiar prolaktyny (w przypadku guzka przysadki czy hiperprolaktynemii czynnościowej związanej ze stresem) czy zaburzenia funkcji tarczycy lub kory nadnerczy. Ze względu na skomplikowane zależności hormonalne diagnostyka zaburzeń miesiączkowania jest jedną z trudniejszych dziedzin endokrynologii.